Il Programma di Ricerca e Innovazione di iNEST è organizzato secondo una struttura composta da un HUB e 9 Spokes, che coinvolge tutte le Università del Nord-Est oltre ai principali centri di Ricerca e Enti di Trasferimento Tecnologico attivi sul territorio.
Le attività degli Spokes sono supportate e valorizzate da 4 iniziative Trasversali: